Die Entsorgungsanlagen der Gemeindewerke unterliegen der technischen Betriebsführung durch die WTE Betriebsgesellschaft mbH. Die Abwasseranlage besteht zurzeit aus den vier Zentralkläranlagen Rosbach, Dattenfeld, Herchen und Ehrenhausen, mit einem zugehörigen Kanalnetz in einer Länge von rd. 290 km. Derzeit werden 117 Pumpwerke, 20 Regenwasserbauwerke und 12 Sonderbauwerke betrieben. Ein Teil der im Gemeindegebiet anfallenden Abwassermengen wird von der Abwassergruppe „Hamm/Windeck/Wissen“ übernommen und über die Gruppenkläranlage der Verbandsgemeinde Hamm entsorgt. Sie hat eine Ausbaugröße von 40.000 Einwohnergleichwerten. An dieser Anlage ist die Gemeinde Windeck mit 10,58 % beteiligt. Des Weiteren wird auf der Kläranlage Rosbach noch das Schmutzwasser eines Teilbereichs Waldbröls entsorgt.
Die Abwasserbeseitigung wird für 19.903 Einwohner durchgeführt. Art und Umfang der Entsorgung sind unterschiedlich. An die zentrale Kanalisation sind 19.460 Einwohner angeschlossen, die übrigen entsorgen ihr Abwasser in Kleinkläranlagen oder abflusslosen Gruben.